Catatan Kuliah: Membangun Pohon Filogenetik

Pendahuluan

• Dosen: Acuh
• Topik: Cara membuat pohon filogenetik dari data sekuens yang telah diedit.
• Software yang digunakan: Mega.

Jenis Pohon Filogenetik

• Tiga jenis pohon filogenetik:
  • Maximum Likelihood
  • Neighbor Joining
  • Versi Murni
• Fokus pada Maximum Likelihood dalam video ini.

Persiapan Data

• Pastikan memiliki data sekuens yang telah diedit.
• Contoh data: Data dari Sea Games menggunakan primer BCL.
• Format data: Komentar file yang telah diselaraskan.

Penyimpanan Data

• Simpan ulang data dalam format Mega agar terbaca oleh software.
• Tanya jawab mengenai coding protein atau bukan.
  • Jika data berasal dari daerah non-coding, pilih "no".

Proses Membangun Pohon Filogenetik

1. Buka Mega, pilih menu filogeni.
2. Pilih metode yang digunakan (Maximum Likelihood).
3. Pilih opsi pengulangan (busted method) untuk mempresentasikan kepercayaan pohon.
   • Minimal 1000; untuk demo cukup 500.
4. Tentukan model statistik yang digunakan (misal: phyllis tank, Juvento).
5. Atur data dan pilih complete untuk mulai proses.

Hasil dan Interpretasi

• Pohon yang terbentuk menunjukkan percabangan dan angka-angka di setiap percabangan.
• Angka menunjukkan persentase kepercayaan dari cabang pohon.
• Cluster dan identitas spesies dapat dilihat dari percabangan.
• Pertanyaan lebih lanjut mengenai identitas spesies yang berdiri sendiri.

Penyimpanan dan Presentasi Data

• Simpan data mentah atau hasil analisis dalam bentuk gambar atau PDF.
• Penting untuk menyimpan data mentah untuk analisis lebih lanjut.
• Gunakan screenshot untuk menampilkan di Microsoft Word atau PDF.

Penutup

• Terima kasih telah menonton video, sampai bertemu di video selanjutnya.