Indonesia sangat kaya dengan keragaman flora dan fauna. Keaneka ragaman hayati Indonesia bahkan termasuk tiga besar dunia bersama dengan Brazil di Amerika Selatan dan Zaire di Afrika. Jumlah spesies tumbuhan di Indonesia mencapai 8.000 spesies yang sudah teridentifikasi dan jumlah spesies hewan mencapai 2.215.
Terdiri atas burung, reptil, Mamalia dan kupu-kupu Iklim adalah faktor penting bagi persebaran flora dan fauna di setiap daerah. Dalam iklim terdapat faktor kelembapan, suhu udara, dan angin. Kelembapan udara dan suhu udara sangat penting bagi pertumbuhan fisik tumbuhan, sedangkan angin dapat membantu proses penyerbukan pada tumbuhan. Sebagai contoh, tumbuhan yang berada di iklim tropis akan tumbuh subur sepanjang tahun karena memiliki sinar matahari dan curah hujan yang cukup.
Jika tumbuhan dapat hidup dengan baik di suatu daerah, maka akan memancing hewan-hewan untuk datang. Karena tumbuhan merupakan bahan makanan yang penting bagi sebagian besar hewan. Buktinya dapat dibandingkan antara daerah curah hujan tinggi seperti Indonesia dengan daerah gurun yang curah hujannya sangat kecil.
Keanekaragaman flora dan fauna di Indonesia jauh lebih banyak dibandingkan dengan keanekaragaman flora dan fauna di daerah gurun. Tingkat kesuburan tanah, suhu tanah, dan daya serap air juga menjadi faktor beragamnya flora dan fauna di Indonesia, berpengaruh pada baik tidaknya tumbuhan. Air juga merupakan faktor penting yang menyebabkan kaya dan beragamnya flora dan fauna di Indonesia.
Perannya yang dapat menyerap, melarutkan dan membawa makanan yang dibutuhkan tumbuhan sangat penting bagi hidup tumbuhan. Ada juga faktor biotik yang mempengaruhi kaya dan beragamnya flora dan fauna di Indonesia, yakni manusia. Manusia dengan ilmu dan pengetahuan serta teknologi yang dimilikinya dapat mengembangkan varietas atau jenis-jenis flora dan fauna baru. Begitu juga dengan tingkat mobilitasnya, manusia bisa membawa dan menyebarkan flora dan fauna dari daerah satu dengan daerah yang lain. Di sisi lain, manusia juga mempengaruhi keberlangsungan hidup flora dan fauna, pembangunan rumah, pemukaan lahan, penebangan besar-besaran, Perburuan liar serta pencemaran lingkungan adalah contoh perilaku dan sikap manusia yang bisa mengancam keberadaan dan keberlangsungan hidup, flora, dan fauna.
Faktor biotik selain manusia adalah hewan dan tumbuhan itu sendiri. Misalnya dilihat dari rantai makanan dan sistem penyerbukannya. Persebaran flora di Indonesia dibagi menjadi dua, yaitu Indo-Malayan yang meliputi kawasan Indonesia bagian barat di antaranya Kalimantan, Sumatera, Jawa, dan Bali, dan Indo-Australian yang meliputi kawasan Indonesia bagian timur di antaranya Sulawesi, Maluku, Nusa Tenggara, dan Papua.
Karakteristik flora Indo-Malayan yaitu jenis meranti-merantian sangat banyak. Terdapat berbagai jenis rotan, tidak terdapat hutan kayu putih, jenis tumbuhan matua sedikit jumlahnya, jenis anggrek sedikit jumlahnya, terdapat berbagai jenis nangka, dan tidak banyak tumbuhan saku. Sedangkan karakteristik flora Indo-Australian yaitu Jenis meranti-merantian hanya sedikit, tidak terdapat berbagai jenis rotan, terdapat hutan kayu putih, terdapat berbagai jenis tumbuhan matoa, jenis anggrek banyak, tidak terdapat jenis nangka, dan banyak terdapat tumbuhan sagu.
Menurut coraknya, fauna Indonesia dikelompokkan menjadi tiga, yaitu fauna bagian barat, fauna bagian tengah, dan fauna bagian timur. Fauna bagian tengah dan barat dipisahkan oleh garis walas. Sedangkan fauna bagian timur dan tengah dipisahkan oleh garis weber. Fauna Indonesia bagian barat atau tipe asiatis mencakup wilayah Jawa, Sumatera, Bali, dan Kalimantan.
Banyak ditemui mamalia yang berukuran besar seperti gajah, badak berjula satu, bandeng, macan, tapir, kerbau, rusa, orang hutan, monyet, babi hutan, bekantan, dan lain-lain. Fauna Indonesia bagian tengah atau tipe peralihan Wilayah ini juga sering disebut sebagai wilayah fauna Kepulauan Wales. Mencakup wilayah Sulawesi, Timur, Maluku, dan Nusa Tenggara, serta sejumlah pulau-pulau kecil di sekitarnya.
Fauna yang menghuni wilayah ini antara lain babi rusa, anoa, kuda, monyet saba, kus-kus, monyet hitam, tarsius, komodo, dan burung maleo. Fauna Indonesia bagian timur atau tipe Australis mencakup wilayah Halmahira, Papua, dan Kepulauan Aru. Hewan yang banyak ditemui di wilayah ini antara lain beruang, kanguru, walabi, landa irian, kus-kus, kanguru pohon, pemanjat bergantung, kelelawar, burung kaswari, dan burung centrawasi.