Lorsqu'un virus ou une bactérie a réussi à franchir la première barrière de défense de l'organisme, qu'on appelle la réaction innée, une deuxième ligne se met en action. C'est l'immunité adaptative. Ce deuxième bouclier protecteur fait appel à des globules blancs spécifiques aux vertébrés, les lymphocytes.
Les lymphocytes sont des cellules très spécialisées, capables de s'opposer à un antigène agresseur et un seul. Il y a en principe dans notre corps autant de types de lymphocytes que de types d'antigènes. Lorsqu'un antigène agresseur a réussi à franchir la première barrière de défense de l'organisme, ces lymphocytes se mobilisent et quand ils reconnaissent la nature et l'identité de l'intrus, ils s'activent.
Dans le cas de la grippe, par exemple, le virus est dit endocellulaire, ce qui veut dire qu'il exerce son pouvoir infectieux en s'insérant au cœur même de la cellule. Il franchit sa membrane, pénètre à l'intérieur du cytoplasme, où il se multiplie avant de se propager dans l'ensemble du corps. La cellule infectée présente alors à la surface de sa membrane des éléments identificateurs de l'antigène agresseur qui l'a contaminée. On les appelle peptides antigéniques.
La cellule est à partir de ce moment-là considérée comme étrangère à l'organisme. Contre ces antigènes se logeant au cœur des cellules, la réponse de l'immunité adaptative est dite à médiation cellulaire. Tout commence lors de la réaction inflammatoire.
À ce moment-là, certaines cellules immunitaires, les cellules présentatrices d'antigènes qui ont été les premières à entrer en contact avec l'antigène agresseur, captent son identité et la présentent à leur surface. Les cellules dendritiques exposent le peptide de l'antigène. Jouant un rôle de messager, ces cellules présentatrices d'antigènes, dès lors porteuses du peptide, la fiche d'identité de l'agresseur, migrent vers les ganglions lymphatiques où résident des lymphocytes T4 et T8 dormants. Elles présentent le peptide collecté aux lymphocytes spécialisés dans la réaction à l'antigène présent dans le corps, et à celui-là seulement.
Une fois le message transmis et le dialogue établi, le lymphocyte T4 concerné est activé. Il va devenir une véritable plaque tournante de la réaction qui va suivre. Il commence par se multiplier en un grand nombre de clones.
C'est ce qu'on appelle la mitose. Certains des clones deviennent des LT4 mémoires. D'autres, appelés alors LT-helper ou LT-auxiliaire, deviennent capables de synthétiser et de sécréter des médiateurs chimiques, des cytokines, nommées interleukines ou lymphokines, qui vont déclencher la réaction des autres lymphocytes. Les interleukines émises stimulent la distance d'autres lymphocytes, notamment les lymphocytes T8, déjà mis en alerte depuis leur contact avec la cellule présentatrice d'antigènes.
En réponse aux messages chimiques qu'ils reçoivent, les lymphocytes T8, dits immunocompétents, se multiplient à leur tour. Une partie, les LT8 mémoires, sont conservés. Les autres deviennent des cellules tueuses qu'on appelle lymphocytes T cytotoxiques. Patrouillant dans l'organisme, ils sont maintenant capables de reconnaître puis de détruire les cellules infectées.
Mais d'autres agents infectieux peuvent agir en demeurant à l'extérieur des cellules. C'est le cas du tétanos et du choléra. Contre ces antigènes agresseurs nommés extracellulaires, la réponse adaptative est dite à médiation humorale. Et là, le scénario se déroule d'une toute autre manière. L'identification de l'antigène agresseur est opérée par une catégorie différente de lymphocytes, les lymphocytes B.
Dès qu'ils ont identifié leur antigène, les lymphocytes B sont stimulés. Recevant à distance des cytokines, les messages chimiques émis par les lymphocytes T4 helper déjà en alerte, ils se multiplient par mitose. Une partie est encore une fois stockée comme LB mémoire.
Les autres clones se transforment en plasmocytes anti-antigènes. Ils produisent alors des anticorps circulants, spécifiquement dirigés contre l'antigène concerné. Ces anticorps circulants sont sécrétés en grande quantité dans le plasma, à raison de 2000 à 5000 à la seconde.
Dès qu'ils rencontrent l'antigène agresseur, ils se lient à lui en nombre et forment une sorte de filet qui le neutralise. Toutes les cellules mortes, ainsi que les débris cellulaires résultant de la réponse immunitaire, sont éliminées par les macrophages, les éboueurs du corps humain.