Lisozomen zijn door een membraan omgeven blaasjes die gevuld zijn met verteringsenzymen. Deze enzymen breken eiwitten, vetten, koolhydraten en nucleïnezuur af. De enzymen zijn in het endoplasmatisch reticulum gemaakt. Van daaruit zijn de enzymen vervoerd naar het gogi-apparaat door transportblaasjes. De lizozomen met de enzymen snoeren zich af van het gogi-apparaat. Als een deeltje, zoals een virus of een bacterie, door phagocytose in een cel wordt opgenomen, smelt het lysozoom samen met het blaasje waarin dit opgenomen deeltje zich bevindt, het phagosoom. De verteringsenzymen breken het deeltje af. Lysozomen kunnen ook samensmelten met andere organellen, zoals oude mitochondrien. Hierdoor worden deze afgebroken en de afbraakproducten kunnen worden gerecycled.