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Démarrage de votre thèse de médecine

bonjour à tous Aujourd'hui on aborde le démarrage de votre test de médecine je vais vous donner les conseils sur la manière de réaliser votre bibliographie et un premier brouillon et on va prendre tout de suite un exemple qui va être un exemple de thèse sur l'intérêt des corticoïdes dans les pleureux pneumopathies de l'enfant imaginons que vous passez en stage votre chef de service ajoute des corticoïdes d'un enfant qui a une plante pneumopathie il vous explique que il y a pas tellement de preuves que ça fonctionne que ça fonctionne pas on n'en sait pas grand chose et vous dites tiens ça serait intéressant que je fasse ma thèse de médecine là-dessus ou vous accordez donc avec un directeur de thèse et ce directeur de thèse vous donne un ou deux articles pour démarrer et c'est parti et donc il y a un premier message qui est que ce premier article il est important parce que il y a des termes qui va qui vont être utilisés pour la recherche bibliographique qui sont pas transparents et que vous ne pouvez pas deviner par exemple mucoviscidose on peut utiliser mucoviscidosis mais en fait tous les onglets et américains utilisent le terme de cystic fibrosis pour pleurésie puisque là c'est ce qui va nous intéresser on peut utiliser le terme pleurésis mais en fait tous les Anglais les américains ils utilisent par abdomony qui fusionnent ou en piedma et donc tout ça complique un peu les choses et c'est pour ça que c'est bien que vous ayez un premier article sur lequel vous puissiez comprendre quels sont exactement les mots clés qu'il faut que vous utilisiez dans votre recherche donc il y a plusieurs moteurs de recherche pour faire de la biographie en médecine le plus connu c'est PubMed mais en fait nous on va pas utiliser peuvent mettre aujourd'hui parce que c'est un il est un peu plus compliqué à utiliser et on Gogol scholar et on peut s'en sortir très bien pour sa thèse avec Google Scholar et c'est la raison pour laquelle on va démarrer là-dessus donc on va utiliser en piedma qui est le terme de Run pour enfants et on va pas mettre traitement moi être plutôt mettre corticostéroïdes voilà et c'est parti pourquoi j'aime bien que le scholar parce que ils ont un algorithme qui fonctionne bien dans le sens où leur algorithme va beaucoup regarder nos mots clés ce qu'on a rentré évidemment il va regarder aussi la date des publications et il va regarder les le nombre de fois où la publication est cité en gros plus une publication est cité plus souvent ça veut dire que elle a intéressé des gens et ces gens ont repris ensuite cette publication dans leur propre travaux et donc plus on peut dire que cette publication est importante c'est pas toujours le cas mais c'est on va dire on va dire ça pour faire simple donc déjà ça les tri par importance enfin en tout cas le nombre de citations va rentrer dans l'algorithme et puis ensuite il y a une autre fonctionnalité qui est ici qui est que vous pouvez savoir quels articles ont cité cet article là donc vous pouvez faire un clic droit ensuite clic gauche et vous savez tous les articles qui ont cité cet article sur les plantes dopathies du à streptoa chez l'enfant et donc là par exemple vous avez donc une clé de médecine qui a une thèse de médecine qui l'a utilisé et puis d'autres d'autres choses d'autres articles qui l'ont utilisés donc quand vous faites votre bibliographie ça peut vous aider cette item cette enfin cette fonctionnalité pour retrouver d'autres articles en lien avec ce que vous cherchez donc ce premier article qui m'intéresse pas tellement en revanche deuxième article il m'intéresse parce que il pose exactement la question que je veux y a-t-il un rôle pour les corticoïdes chez l'enfant atteint de paraponique pleura les fusions donc je clique droit je clique gauche là j'ai l'article dans son intégralité puisqu'il est frites mais en revanche je peux pas le télécharger et donc ça ça m'ennuie parce que si j'ai besoin d'y revenir plus tard à chaque fois il faudra que je refasse tout le petit chemin et je peux pas le garder sous le coude et donc comme ça m'ennuie on va faire différemment ce qu'on va faire c'est que on va copier le texte et on va regarder différentes manières d'obtenir le texte en texte intégral une première manière qui est vraiment la manière à privilégier c'est d'utiliser vos codes de l'université votre université la accès à une bibliothèque cette bibliothèque elle vous ouvre les portes souvent de millions d'articles et donc vous pouvez recopier le titre ou en tout cas le titre du journal dedans voir s'il y est et ensuite chercher à ce type de d'articles une deuxième manière de faire c'est de regarder sur un site qui s'appelle resurgate qui est un site de réseaux sociaux en fait pour les chercheurs et donc vous recopiez votre truc et ensuite vous apparaît en resortgate et là vous voyez que les auteurs étaient sympas parce que ils ont mis eux-mêmes le PDF de leur article dans Le dans resurgate et réseaux social et donc vous pouvez le télécharger et vous le et donc voilà on a l'article complet que cette fois-ci on va pouvoir télécharger et voilà qui est fait alors ensuite donc ce cet article m'intéresse beaucoup je vais regarder quand même s'il y a d'autres choses sur la première page qui m'intéresse à la fois qui est un article sur la pneumonie compliqué où il parle de cortico-thérapie systémique dans ce cadre de compliqué le PDF a l'air d'être disponible surfers gate j'ouvre le lien nouveau et oui sympa ils ont mis leur PDF alors plutôt que de tout lire je vais aller direct à corticostéroïdes corticostéroïdes c'est là donc ils ont fait tout un paragraphe sur corticostéroïdes qu'il faudra que je lise attentivement en plus c'est pas très long donc très bien ça aussi je vais le télécharger et me le mettre sous le coude pour la suite et puis comme il puis on peut regarder ça ouais après ça a plus trop de rapport parce que c'est un syndrome des frottis ici [Musique] ça c'est le même que celui qu'on a vu avant ça c'est ça c'est le l'identification des germes ok bon ça ça s'arrête un peu là sur ce que je veux mais j'ai surtout j'ai déjà un article qui m'intéresse beaucoup là donc ce qu'on va aller voir cet article là il est là et donc là maintenant je suis en mode recherche de citation donc comme je recherche des citations ce qui va m'intéresser c'est l'intro et la conclusion donc par exemple je fais ma bio et là je vois les épanchements plus gros complique très pour cent des cas des pneumopathies communautaires de l'enfant qui nécessite une utilisation ah bah ça ça m'intéresse beaucoup et je vais me garder cette phrase sous le coude et la référence parce que dans mon intro bah ça sera bien que je remette quelque chose de ce genre là que je fasse un petit une petite introduction sur pourquoi on s'intéresse au plan pneumopathie de l'enfant et au corticoïdes dans ce cas là parce que c'est quelque chose qui est qui complique quand même très important d'écart et donc c'est quelque chose d'important qui touche quand même beaucoup d'enfants donc ça je vais me le garder sous le coude et donc on peut faire ce genre de travail là dessus sur l'intro et puis l'autre chose qui est intéressante lorsqu'on cherche des situations c'est la discussion parce que dans la discussion après le premier paragraphe qui a un paragraphe de récapitulation des principaux résultats il y a un deuxième paragraphe et enfin la deuxième partie en tout cas la discussion c'est la comparaison avec les données de la littérature et là par exemple les auteurs disent à notre connaissance seulement un essai à évaluer les effets de la corde crithérapie orale chez enfin systémique chez des enfants avec avec épanchement donc ça ça m'intéresse beaucoup il détaille l'article là et donc on a la F qui est la F19 et donc là j'ai un nouveau truc pour mon ma thèse j'ai un essai randomisé qui m'intéresse beaucoup et donc là je peux aller le chercher sur les sources gate aussi mais surtout lui m'intéresse tellement que évidemment je vais lire complètement en détail et compagnie mais surtout depuis 2017 je voudrais savoir si on a d'autres qui ont fait la même chose c'est-à-dire un essai endommisé ou d'autres travaux sur la dexamitazone ou les corticodes en général pour les plans de l'opopathies si l'auteur des travaux suivants est intelligents et a bien fait son boulot et ben il aura cité cet article et donc quand je vais cliquer sur citer 50 fois ici je vais retrouver le l'auteur le les nouveaux articles qui qui traitent de ce qui m'intéresse c'est à dire corticoïdes et planté de l'enfant donc là c'est pour le septi sévère et le choc septique ça m'intéresse pas la sepsis là si on retrouve notre revue qu'on a déjà vu c'est une revue ça m'intéresse pas tellement là il parle des hyperglycémies donc ce sera plutôt pour les effets secondaires peut-être je peux me le mettre de côté là c'est un expertopinion ça m'intéresse pas tellement moi ce que je cherche ce serait un vrai un vrai article bon donc là j'ai rien qui m'intéresse tellement et vous voyez que l'algorithme ici il a trié vraiment par citation donc vous avez le nombre de stations 171 80 65 53 41 etc et quand vous arrivez à la page 5 et ben il y a 0 citation donc ce que ça veut dire c'est que les articles les plus intéressants vont souvent se retrouver en début de page c'est tout l'intérêt du système puisque ça veut dire que ces articles qui ont été repris par beaucoup de monde mais ce que ça veut dire aussi c'est que les articles qui sont et qui ont été publiés en 2021 2022 ils vont pas sortir là parce que ces articles sont tout neufs les gens n'ont pas eu le temps de les citer donc on se retrouver avec 0 citation ou une ou deux citations tout à la fin avec les articles pas super qu'on veut éviter de lire et donc pour réussir à faire enfin la meilleure manière de faire c'est de lire comme ça les articles les plus cités et de se faire les trois premières pages et puis ensuite de prendre depuis 2021 ou depuis en tout cas une datacée récente pour voir parmi les articles les plus récents ceux qui ont été quand même pas mal de fois cités par exemple celui-là si tu es six fois depuis 2021 c'est un très beau score quand même mais bon lui nous intéresse pas trop c'est plutôt sur antibiotique et par apnonique pareil jeunes en revanche regardez celui-là corticoïde et outcom et donc évolution des épanchements pleuraux un essai endomisé contrôle contrôlé de 2022 ça il va nous intéresser à mort cet article donc celui-là aussi nous intéresse et donc là à nouveau on peut vous allez voir toute la cité et ben on retrouve que c'est en fait un éditorial qui la cité donc ça on va regarder etc si celui-là avec les cité ben on aurait aussi regardé et vous voyez que on rentre dans quelque chose de compliqué avec plein de citations plein de trucs et donc faut être un petit peu organisé les rapidement ensuite les articles voir si on les télécharge si on télécharge pas et ensuite on commence à avoir un petit stop d'article et une fois qu'on a son petit stock d'article on a une vision sur à peu près est-ce que la question qu'on se pose une question intéressante ou pas et là en l'occurrence c'est une question intéressante puisque il y a un essai qui est celui-là mais qui en fait est un essai réalisé chez l'adulte c'est pas chez l'enfant il y a eu un seul essai réalisé chez l'enfant mais c'était chez d'autres c'était pas en Europe et donc les germes ne sont pas forcément les mêmes la manière de traiter et pas forcément la même non plus donc ça vaut le coup de faire notre étude en France et donc maintenant que on sait qu'on a envie de faire notre étude on va se remettre sur notre sur notre PDF ici parce que finalement notre thèse elle va s'approcher beaucoup beaucoup de ce travail là et donc ce qui va nous intéresser maintenant c'est plus la manière dont ils ont réalisé leur étude et donc quel a été leur méthode donc c'est une étude rétrospective qu'elle a été les critères de d'inclusion de leur patient donc c'est des patients de 0 à 15 ans admis entre 2022 et 2017 et qui avait un code dans la base de données de pleureur pneumopathie de l'enfant et donc ensuite on va regarder ce qu'ils ont collecté lors d'un élastique et leurs résultats c'est toujours la même chose avec les caractéristiques de base de leur patient au départ est-ce qu'il y a eu l'utilisation de corticoïd ou pas et qu'est-ce que ça a donné quand il y a eu des cortues ok ils ont un seul tableau là je regarde rapidement ils ont un seul tableau dans leur dans leur étude non ils en ont deux en fait un premier tableau qui montre les caractéristiques de base des patients un deuxième tableau qui montre les caractéristiques de l'hospitalisation au cours de socialisation et là on va s'inspirer beaucoup de ce qui a été fait parce que finalement ce qu'on va faire c'est quelque chose d'assez similaire et donc je vais passer à la deuxième partie qui est la partie sur la cortico sur le brouillon pardon sur le brouillon de la thèse alors ce brouillon ça a vraiment être les fondations de votre thèse c'est quelque chose qui est hyper important parce que c'est vraiment ce qui va déterminer ensuite toute la suite de votre thèse donc et ça vous permet d'y voir plus clair on va séparer méthode et résultats en gros votre thèse ça va être assez simple elle va commencer par une introduction ensuite vous allez détailler vos méthodes ensuite les résultats et ensuite la discussion comme dans tous les articles scientifiques ce que je demande à mes internes de faire parce que ça me semble hyper aidant et hyper important c'est de faire leur tableau 1 le tableau 1 c'est toujours toujours la même chose c'est les caractéristiques des patients c'est exactement ce que vous retrouvez là baseline passion caractéristiques et c'est la même chose pour tous les articles scientifiques de la terre et donc ici vous avez la caractéristique et ici vous avez les patients et donc par exemple pour que prendre l'âge en moi on peut prendre le sexe on peut prendre le poids le poids pour nous chez l'enfant ce qui nous intéresse plus c'est en Z score ensuite on peut prendre on peut prendre les antécédents voilà on peut on peut regarder vaccination pneu coccyx ils ont été vaccinés ou pas et comme ça on peut et quelle classe d'antibiotiques ils ont reçu ça on peut rajouter aussi mais on va à chaque fois créer une nouvelle ligne et c'est pas grave après on fera la mise en forme mais il faut absolument que ça soit fait comme ça dès le départ voilà etc etc on peut rajouter comme ça et ici globalement on aura par exemple ça un âge moyen en mois de 15 mois ou une médiane sera plutôt peut-être une médiane interquartile une médiane 15 mois et puis première intercalctive à 10 mois 24 mois c'est chiffre là on les a pas mais c'est juste pour regarder à peu près à quoi ça va ressembler donc là par exemple sexe féminin on va mettre par exemple 50 70 % des patients ok donc je leur demande de faire le tableau 1 avec toutes les caractéristiques qui doivent être cueillies ensuite je leur demande de faire le tableau 2 et là le tableau 2 c'est souvent un critère de jugement donc c'est l'évolution des patients selon le recours quid en fonction de l'utilisation de [Musique] là ça va ressembler beaucoup à ce tableau là si ce n'est que on va rajouter deux colonnes ici solide ici contrôle ici un petit P et ce qu'on pourra voir on aurait pu ça on aurait pu le faire des parts je reproduis exactement ce qu'ils ont fait dans l'article là avec corticoïdes oui corticoïde on va plutôt faire ça bien on va appeler ça corticoïde et absence de corticoïdes et là on va mettre le total donc par exemple alors on va mettre donc ici il faut que vous mettiez les n en minuscule donc par exemple vous en avez allez on va dire 80 et on va dire que il y en a eu 30 qui ont des corticoïdes et 50 qui n'en ont pas eu voilà donc là il faut que donc l'appareil incessif sont fictifs mais c'est juste pour donner une idée et donc là vous avez à nouveau vous aurez à nouveau des chiffres donc je détaille pas mais pour voir que par exemple les enfants se cortico et les enfants en fait plus jeunes enfin plus vieux là pardon ceux qui ont des particuliers d'été âgées en médianes de 20 mois tandis que là c'était 15 mois et là on peut mettre on pourra ajouter un test statistique un petit P par exemple là on dirait qu'il est un fer à 0,01 etc bref ça ressemblera à quelque chose comme ça et là on va mettre évolution et là par exemple on va dire que notre critère jugement principal c'est la durée d'hospitalisation donc là on va mettre la durée d'hospitalisation on va dire que c'est 15 jours avec quelque chose comme ça et là on va mettre que idéalement ça serait un peu plus élevé c'est ce qu'on voudrait trouver dans le groupe contrôle et idéalement on va trouver un petit P qui va être un fer à 0 0 1 mais c'est pas c'est pas très grave parce que ces chiffres encore une fois là on les a pas c'est juste pour donner un exemple de ce qu'on pourrait trouver et mettre en forme nos idées et donc ce qu'on peut regarder aussi c'est la durée de fièvre durée d'antibiotique IV du et compagnie et compagnie ok donc là on a déjà nos deux nos deux tables qui seront notables plus importantes en gros la table une on va décrire les caractéristiques des patients en deux on va donner des infos sur est-ce que ceux qui ont reçu des cartes grills étaient hospitalisés moins longtemps que les autres on peut compliquer un peu les choses on ajustant ensuite ce résultat sur d'autres choses mais à ce stade je rentre pas dans les détails et on va créer aussi nos deux premières figures donc on va créer une nouvelle présentation et donc si ce que je regardais c'est la durée d'hospitalisation alors je vais commencer par ma figure une mais figure une ce sera toujours exactement la même ça sera une figure sur qui s'appelle le flochart et un flow chart c'est donc le nombre de patients que vous aviez au départ et donc là ici le nombre de dossiers que vous aviez au départ alors donc par exemple on va dire 140 dossiers d'enfants identifiés par des données au sein de la base de données et ensuite vous allez expliquer combien sont finalement inclus dans l'analyse [Musique] et vous allez avoir des exclus qui vont se retrouver là et là donc par exemple ce que ça peut faire c'est 140$ ensuite on vous allez pouvoir dire 20k de l'info 15k [Musique] de le rési tuberculeux Xavier définix des critères d'exclusion donc ça vous il vous reste plus que 105 dossiers d'enfants avec le groupe nomopathie bactérienne et ensuite à nouveau vous en avez 35 avec données incomplète par exemple et vous allez en avoir 80 ici 80 dossiers d'enfants analysés inclus dans l'analyse ok donc voilà votre figurine elle est ici [Musique] et on va passer et donc en fait tout l'intérêt pardon de cette figure c'est de vous mettre dans la tête quels vont être vos critères d'exclusion que vous allez reporter ici et ensuite vous pouvez vous mettez pas là les chiffres vous mettez comme ça comme ça comme ça etc et comme ça ça vous donne la façon dont vous allez imaginer vos critères d'exclusion et qu'est-ce qui va se passer à chaque étape et combien vous pensez en avoir au départ et combien une fois que vous aurez enlevé tout ça vous pensez en avoir à l'arrivée et puis on fait la figure du critère du mot principal qui est notre délai d'hospitalisation donc pour ça on va utiliser des petites flèches on va se dire qu'on va faire une espèce de d'évolution au cours du temps de la proportion d'enfants hospitalisées ça ressemblait à une courbe de survie ici le temps en jour ici on va le changer dans ce sens là notre proportion d'enfants hospitalisé plat et donc en gros ça va ressembler on espère à quelque chose comme ça ça va démarrer à 100% d'enfant hospitalisé et puis ça va diminuer à 0 parce que tout le monde va sortir de l'hospitalisation voilà disons que ça c'est notre groupe contrôle et puis on va faire la même chose et on va dire que en rouge ça va être notre groupe qui a reçu des corticoïdes et ce qu'on espère c'est que la proportion diminue plus rapidement au cours du temps et qu'on arrive à quelque chose comme ça OK et donc ensuite on peut rajouter peut-être juste en texte voilà et donc ça ça nous fait la figure qu'on veut donc principal et donc maintenant qu'on a enregistré tout ça on va pouvoir le remettre dans notre brouillon et donc voilà dans notre brouillon hop là on va remonter un peu dans notre brouillon on a tout ce qu'il faut pour démarrer la thèse puisque grâce à ses caractéristiques et à cette figure on va pouvoir définir nos critères d'inclusion et d'exclusion grâce à cette figure là on va pouvoir comprendre assez vite quel est notre critère du vent principal et finalement c'est essentiellement ça dont on a besoin pour rédiger les méthodes puisque les méthodes ça va commencer toujours par le design de l'étude donc on va dire c'est une étude rétrospective etc [Musique] on va dire tout ce qui a très au comité d'éthique ensuite vous allez voir quelque chose sur la population les critères d'inclusion d'exclusion donc était on écrit toujours au passé même si on n'a pas encore commencé on écrit toujours au passé parce que final ça sera au passé etc entre 2000 et 2020 ensuite on a les données collectées moi je mets souvent critèrement principal critères de jugement et données collectées donc le critère de jugement principal était la durée d'hospitalisation et puis ensuite on peut rajouter critères jument secondaire quand la durée de la fièvre etc les données recueillies étaient et ensuite donc on fait des grands sous groupes les caractéristiques générales de l'enfant h point les caractéristiques de l'enfant l'admission dans ce pas très joli [Musique] les caractéristiques de la plante myopathie par exemple [Musique] antibiotique à l'arrivée etc etc et en fait cette partie là vous avez juste à copier toutes les caractéristiques que vous avez mis là vous les reportez ici et vous êtes bon et ensuite il y aura une partie analyse statistiques qui va se retrouver là mais dont on parlera une autre fois et donc ici vous pouvez arriver comme ça à votre deuxième rendez-vous avec votre directeur avec quelque chose d'extrêmement propre qui va lui parler immédiatement ou parlez pas de l'intro parlez pas de la discussion mais sur les méthodes vous pouvez commencer à utiliser ce canevas pour donner le design la population le critère de jugement l'analyse statique c'est pas le propos à ce stade mon lui montrer votre tableau à quoi il va ressembler votre deuxième tableau cover ressembler que vous avez pensé à faire une flochhart qui est donc qui va reprendre vos critères d'exclusion et que dans vos figures vous pensez à ça et une fois que vous avez fait ça je dirais le plus gros du travail est fait en tout cas vous avez les idées extrêmement clair pour commencer votre thèse et commencez votre thèse ça va être commencer le recueil de données et ensuite arriver à dérouler l'ensemble mais ici vous avez vraiment tout le plan que vous allez les suivre pour l'année qui va vous occuper pour votre thèse et si vous le faites comme ça bien dès le début et en fait dès le départ de votre thèse ensuite vous allez gagner énormément de temps plutôt que de revenir en permanence en vous disant ah bah c'est dommage j'aurais dû plutôt regarder ça de telle manière j'aurais plutôt j'aimerais bien rajouter cette figure mais j'ai pas les données il faudrait que je retourne voir tous les dossiers et cetera donc ça c'est pas possible et c'est dommage voilà je souhaite bon courage j'espère que ça vous aura donné envie de vous lancer démarrer et que ça vous aidera pour votre test on se retrouve pour la prochaine vidéo qui portera sur justement la façon de recueillir les données dans un tableau Excel à bientôt