Jeszcze gdy wybrzmiewały ostatnie strzały kampanii wrześniowej, Niemcy i Sowieci dokonali podziału ziem polskich. 28 września 1939 roku podpisano traktat o granicach i przyjaźni. Porozumienie oparto o ideę traktatu Ribbentrop-Mołotow.
Jednak granice podziału przesunięto z linii Wisły na linię Bugu. Ziemie, które znalazły się pod okupacją niemiecką podzielono na dwie części. Obszary bezpośrednio wcielone do III Rzeszy, czyli Górny Śląsk, Wielkopolska, Pomorze Gdańskie, Suwalszczyzna, Ziemia Łódzka, Północna Wielkopolska. na część Mazowsza oraz Generalne Gubernatorstwo, czyli większość Mazowsza z Warszawą, Małopolskę oraz Polesie Lubelskie.
Po agresji Niemiec na Związek Sowiecki do III Rzeszy włączono okręg białostocki, a do Generalnego Gubernatorstwa dystrykt Galicja ze Lwowem. Na obszarach okupowanych przez Związek Sowiecki w październiku 1939 roku przeprowadzono sfałszowane wybory, w wyniku których podjęto decyzję o bezpośrednim wcieleniu opanowanych ziem do Związku Sowieckiego. Rzymy wciąż w tym samym okresie. ścielone do III Rzeszy miały być poddane pełnej germanizacji. W jej efekcie w pierwszych miesiącach zamordowano około 80 tysięcy mieszkańców tych ziem, a około 900 tysięcy pozbawiono majątku i przesiedlono do Generalnego Gubernatorstwa lub na przymusowe roboty do Niemiec.
Polaków masowo więziono i wywożono do obozów koncentracyjnych. Pozbawiano ich praw obywatelskich, zlikwidowano polskie szkolnictwo oraz wprowadzono jako urzędowy język niemiecki. Wedle niemieckich pierwotnych założeń Generalne Gubernatorstwo na czele którego stał rezydujący na Wawelu Hans Frank, miało stanowić zaplecze rolnicze.
Sami Polacy mieli zostać sprowadzeni do roli niewolników. W Generalnym Gubernatorstwie zachowano polskie szkolnictwo podstawowe oraz zawodowe, a programy nauczania ograniczono do czytania, pisania, podstaw matematyki oraz zawodu. Dopuszczono używanie języka polskiego.
Porządku pilnowała składająca się z polskich funkcjonariuszy policja, która od koloru mundurów otrzymała potoczną nazwę granatowej. Publikowano polskowęzyk. języczną, propagandową prasę, popularnie nazywaną gadzinówką.
Pierwsze miesiące niemieckiej okupacji to akcja przeciwko polskim elitom. W ramach operacji Tannenberg na ziemiach okupowanych oraz akcji AB w Generalnym Gubernatorstwie zamordowano kilkadziesiąt tysięcy polskich działaczy politycznych, społecznych, nauczycieli, duchownych, powstańców śląskich i wielkopolskich. W ramach akcji specjalnej Kraków uwięziono, a następnie wywieziono do obozów koncentracyjnych profesorów krakowskich uczelni wyższych. Territorowi poddano całe społeczeństwo. Przewodniczącego zakończyli się uliczne łapanki, w ramach których sprawdzano dokumenty przypadkowych mieszkańców, a podejrzanych wywożono do więzień na przymusowe roboty lub do obozów koncentracyjnych.
Symbolami okupacji stało się więzienie Pawiak oraz siedziba gestapowa Lejszucha. W odwecie za działania polskiego podziemia na ulicach polskich miast prowadzono publiczne egzekucje na przypadkowo uwięzionych zakładnikach. Na ziemiach okupowanych przez Sowietów Polacy stanowili mniejszość, przez co mieszkająca na tych ziemiach ludność białoruska. i ukraińska bardzo chętnie ulegała sowieckiej propagandzie, której hasłem przewodnim było wyzwolenie z polskiej niewoli. Celem działań okupanta była sowietyzacja społeczeństwa, czyli narzucenie mu ideologii komunistycznej.
Wszystkich mieszkańców objęła paszportyzacja, czyli przymusowe nadanie obywatelstwa Związku Sowieckiego. Całość stanowisk w gospodarce, administracji i edukacji objęli przybyli z głębi państwa urzędnicy lub miejscowi Ukraińcy, Białorusini i Żydzi. Wprowadzono masową kolektywizację, czyli przejmowanie ziemi z rąk prywatnych i przekazywanie jej we wspólny zarząd zbiorowości.
Prowadzono również szeroko zakrojoną nacjonalizację, czyli przejmowanie przez państwo prywatnego majątku i kapitału. Represją poddano elity społeczne oraz kościół. Zsobietyzowano całą edukację, tworząc z niej nosiciela idei komunistycznych.
Wielu Polaków skazano na zsyłki do łagrów, czyli obozów pracy przymusowej, gdzie zmuszani byli do pracy na dalekiej północy w kopalniach czy wyrębie lasów, w wyjątkowo niesprzyjających warunkach atmosferycznych. Wobec Polaków, którzy mogli stanowić potencjalne zagrożenie dla władzy sowieckiej, stosowano masowe deportacje w głąb Rosji. Kierunkiem deportacji był głównie Kazachstan oraz Syberia.
Część mieszkańców, w obawie przed represjami, przyjęła ideologię komunistyczną i rozpoczęła współpracę z okupantem. Okrutny los spotkał oficerów i policjantów oraz przedstawicieli innych służb mundurowych wziętych do niewoli przez Sowietów w trakcie kampanii wrześniowej. W związku z tym, że nie udały się działania mające doprowadzić do ich sowietyzacji, podjęto decyzję o ich wymordowaniu.
Egzekucje odbyły się w kwietniu i maju 1940 roku. W ich wyniku w Katyniu, Charkowie i Miednoje zamordowano około 22 tysiące polskich oficerów.