Catatan Kuliah tentang Protein dan Strukturnya

Pengantar Protein

• Protein terdiri dari asam amino, memiliki ikatan peptida (C=O – NH)
• Ukuran protein bisa sangat besar, sering kali mencapai ratusan asam amino.
• Hari ini fokus pada struktur protein: primer, sekunder, tersier, dan kuartener.

Struktur Protein

Struktur Primer

• Rantai lurus dari asam amino.
• Ikatan peptida di antara asam amino, biasanya dalam bentuk trans.
• Jarang terjadi konformasi cis karena adanya sterikles.

Struktur Sekunder

• Meliputi alfa helix dan beta sheets.
• Alfa helix: putaran kanan, ikatan hidrogen antara N dan N+4 (4 residu).
• Beta sheets: bisa paralel atau antiparalel, planar dengan sudut dihidral 180 derajat.
• Sudut dihidral (phi/psi) sangat mempengaruhi stabilitas struktur sekunder.

Struktur Tersier

• Struktur 3D dari protein, dibentuk dari interaksi antar side chain.
• Interaksi yang berperan: ikatan hidrogen, gaya Van der Waals, interaksi elektrostatik.

Struktur Kuartener

• Merupakan gabungan dari beberapa subunit protein.
• Contoh: hemoglobin (α2β2) dan kapsid virus.

Interaksi Non-Kovalen

• Gaya non-kovalen penting dalam pembentukan struktur protein.
• Termasuk ikatan hidrogen, gaya Van der Waals, dan interaksi elektrostatis.
• Efek hidropobik: mendorong non-polar amino acids bersembunyi di dalam.

Termodinamika dan Protein

• ΔG = ΔH - TΔS (energi bebas Gibbs).
• Pembentukan struktur protein dipengaruhi oleh entalpi (ΔH) dan entropi (ΔS).
• Proses pelipatan protein cenderung mengurangi entropi tetapi didorong oleh efek hidrofobik.

Deteksi Protein

• Uji Biuret: menguji keberadaan ikatan peptida (warna ungu).
• Uji Bradford: menggunakan Coomassie Brilliant Blue untuk mendeteksi protein.
• Reaksi lain seperti reaksi Milon dan uji Santofrotein juga digunakan.

Kesimpulan

• Protein memiliki struktur yang kompleks dan beragam.
• Pemahaman tentang struktur protein penting untuk memahami fungsi biologisnya.
• Deteksi dan analisis protein merupakan bagian penting dari biokimia.