Gençler merhaba, Organik Bileşikler 5. gündeyiz. Konumuz proteinler. Peki hocam, proteinlerle ilgili MEP neye önem veriyor? Mesela çıkmış ÖSYM sorularından bir tanesi, peptid bağ nasıl oluşturulur? Hangi aminastin hangi grubuyla peptid bağ oluşur?
Denatürasyonda ne olur, ne olmaz gibi en uç noktalardan proteinleri sormuşlar. Hadi gelin birlikte öğrenelim. Proteinler karbon, hidrojen, oksijen, azot ve bazen kükürt içerirler.
Hocam şimdi karbon, hidrojen, oksijen fikste. Karbohidratları anlatırken bize azotu kitin için ekledin. Lipitleri anlatırken bazen fosfolipitlerde fosfat, azotla ek gruplar oluştuğunu söyledin. Şimdi de proteinlerle ilgili diyorsun ki karbon, hidrojen, oksijen ve azot stabil.
Yanına bir de kükürt koyuyorum dedin. Bu kükürtü de kimin hatırına ekliyorduk? Metiyonin amünasitini.
Hatırladın mı? Yani şöyle bir amünasit vardı. Ya hocam şimdi amünasit vardı diyorsun da yani CH2, CH2s, Ch2 bu neredeydi? Minerallerde. Orada kükürtten bahsetmiştim değil mi?
Peki güzel. Şimdi bir detaylandıralım bakalım proteinleri. Ne var ne yok. Hocam 3. dereceden enerji kaynağı yani 1 karbohidrat 2 lipit 3 protein güzel demek ki lipitlerle ilgili sıkıntı başlamış o kadar aç kalmışım o kadar problem yaşıyorum ki sıraya proteinleri almışım. Halbuki proteinler yapısal moleküller olduğu için bunu en sona bırakmam lazım ama madem bunu yıkmaya başladım işte vücut için bu bir teorik bilgidir kesinlik sorusu tarzında sorulamaz ama.
İşte önce eşeği proteinleri yıkılır sonra kas proteinleri sonra sinir proteinleri şeklinde. Ancak arkadaşlar iç sinir proteinlerine gelmişse orada yaşamla bağdaşacak bir durum söz konusu değildir. Birçok hormonun temel yapısını oluşturur.
Bu yüzden hemen buraya nasıl bir kelime yazıyoruz? Düzenleyicidir. O zaman bunu hemen toparlayalım.
Enzimiyede hormonu pozitif yönde etkileyecekti. Mineral, enzime kofaktör, su %15'in altına düşerse enzimler çalışmıyordu. Önemliydi. Hocam steroidlerden bahsettin bize. Güzel.
Bir de şimdi ne yapıyorsun? Proteinlerden bahsediyorsun. Peki Biyuret ve nitrik asitle bulundukları ortamın rengini değiştirirler.
Yani demek ki biyuret ve nitrik oksit ya da nitrik asit özür diliyorum. Bunların ayrıcı. Ribozomlarda DNA şifresine göre sentezlenir.
Dikkat. Şu ana kadar hiç böyle bir cümle kurmadım. Glikojeni sentezle dedim.
En tane glikoz. Ya da nişasta ya da sellozu ya da kitini. Lipitleri sentezle 3 ya asli 1 gliserol ya da 2 ya asli 1 fosfat grubu gliserol.
Hiç DNA'dan gelen şifre diye bir cümle kurdun mu? Hayır hocam işte canlılarda protein yapının canlıya özgü olmasının temelinde bu madde var. Her canlı kendi DNA'sından aldığı o şifrelere göre protein sentezler.
Yani kendisine özgü protein sentezler. Yani Adana kebabı yedin. Adana kebabın içerisindeki proteini hemen böyle kaslarıma yerleştireyim diye bir şey yok.
Ne yapıyorsun sen? Onu önce hidrolize ediyorsun, aminastene çeviriyorsun. Sonra o aminastitleri DNA'dan gelen şifreye göre tekrar proteine dönüştürüyorsun. Peki proteinlerin yapı taşı nedir? Proteinlerin yapı taşı aminastittir.
Doğada 20 çeşit aminast var. İnsanda 12 tanesini sentezler, 8 tanesini dışarıdan alır. Burada alırız ifadesini bu yüzden vurguladım. Çünkü senin için temel olan bitki için değildir.
Bu 8 tanesini dışarıdan aldığımız zaman bunun adı elzem, esansiyel ya da temel amino asit oluyor. Peki hocam bir amino asitin şuradaki gibi yapısına baktığımızda ne görürüz? Bir karboksil grubu görürüz. Şurada bir amino grubu, burada bir radikal grup, bir de yukarıda bakın hidrojen var.
Buradaki olayımız amino asitleri birbirinden farklı yapan grup hangisidir? Radikal gruptur. Yani radikal grup değişkendir.
Amino asitlere amfoter özellik kazandıran, yani hem asit hem baz gibi özellik kazandıran gruplar kimdir peki? Karboksil grubu ki burası asit özellik kazandırır. Amino grubu burası da bazik özellik kazandırır.
Hemen 100 yılın yıldızını atıyorum. Adı amino asit. Peki bütün amino asitler asidik midir? Hayır hocam. Amino asitler ilk bulunanlar asidik özellik gösterdiği için böyle isimlendirilmiş.
Asit olabilir, baz olabilir, nötr olabilir. Öyleyse şöyle bir sorudan uzak duracaksın. Proteinler sindirildiğinde ortamın pH'i kesinlikle düşer mi?
Saçmalama hocam. Bazıları bazik, bazıları asidik, bazıları nötr. Hemen Barış Hocam sana örnek verebilir.
Lizin, arjinin, histidin aminazleri baziktir mesela. Aspartik asit, glutamik asit asidiktir. Valin nötraldir.
Anlatabiliyor muyum? 20 çeşit aminazit, her biri kendine ait bir izoelektrik noktaya, bir pH değerine sahiptir. Güzel. Peki hocam.
Peptid bağları nasıl oluşur? Çıkmış sınav sorusu dedin. Birinci amino asidin karboksil grubu ile, birinci amino asidin karboksil grubu ile, ikinci amino asidin amino grubu arasında kurulur.
Bakıyorum birinci amino aside, karboksil grubu. Bakıyorum ikinci amino aside, amino grubu. Karboksil grubunun hidroksili, amino grubunun hidrojeni, Hop ne meydana geldi? Su.
İşte sana dehidrasyon. Aynı dehidrasyon hidroliz başlığı altında karbohidratlarda verdiğim örneğin bir benzeri. Yani ben burada oksijeni işaretleyip tersine bir reaksiyon yapsam hidrolizde sadece bir aminazin yapısında işaretli moleküle rastlarım.
Ama eğer hidrojenleri işaretlersem her ikisinde çünkü birine OH birine hidrojen gidecek. Evet burası umarım oturmuştur. Hocam şimdi baktığım zaman...
Şöyle bir basitleştirir misin benim için? Bu karboksil grubu, bu da amino grubu. Sen diyorsun ki karboksilin hidroksili, aminonun hidrojeni birleşecek.
Yani o zaman şöyle bir yapı mı görünmesi lazım? İşte bu peptid bağ. Diğer taraflarında yazalım mı?
Şurada bir karbon var, şurada bir karboksil var, şurada bir amino grubu var. Burada bir radikal, burada bir radikal, şuraya bir hidrojen, şuraya bir hidrojen. Hmm, gerçekten de bak burada... karboksille amino arasındaki bu bağ, yani tam şuradaki bağ işte peptid bağ, oraya numarayı verir, hangisi peptid bağdır diye soru sorar.
Sordu mu? Sordu. Tekrar sorar mı? Elbette.
ÖSYM'nin mantığında şöyle bir şey yok ki, ben bunu sordum, bir daha sormayacağım. O zaman ne soracak ki? Gereğine kalıyor ki.
Güzel. Şimdi, dipeptid, tripeptid ve polipeptid kavramları var. Neden önemli? Çünkü ben dipeptid dediğimde öğrencim diyor ki 2 peptid bağ.
Öyle bir şey yok. Dipeptid demek 2 aminansit demek. Peki hocam tripeptid dediğim zaman ne olacak?
3 aminansit. Çıkmış sınav sorusu. Dipeptid, trisakkarid. Bunların işte sentezi sırasında açığa çıkan su miktarı.
Ne demiştim size? Su eşittir bağ sayısı. Hemen burada bir soru sorayım mı?
Diyelim ki 20 tane dipeptid sentezleyeceğim. Kaç tane su açığa çıkar? Sen diyeceksin ki hocam bir dakika.
Bir dipeptid bu değil mi? Evet. Bir dipeptidde bir peptid bağ mı var?
Evet. 20 tane dipeptidde kaç bağ var? 20 tane. O zaman her biri bağ su olduğuna göre cevap ne olur?
20 olur. Hadi şimdi tripeptid yapalım. 20 tane tripeptid.
Hocam bir tripeptidde 2 tane bağ var. 20 tane tripeptidde 40 tane bağ olur. Dolayısıyla bağ kadar su çıkar. 40 tane su çıkar.
Yani böyle n-1 diye kodlama hata yaparsın. n-1'i neyde kullanabilirsin? Polimer.
1000 tane aminasit yan yana geldi kaç su çıkar? 5 parmağım var. 1, 2, 3, 4 boşluğum var.
n-1 1000 tane aminasit ise 999 tane peptid bağ. Dolayısıyla o kadar su açığa çıkar. Anlaştık mı?
Peki Şurayı bir temizleyelim bakalım. Burada bir tane daha soru tipim var. Onun kaçmasını istemiyorum.
Su eşittir bağ sayısı. Güzel hocam. Bu da tamam.
Ama sorularda soru bankasında zaten bunu pekiştireceğiz. Hadi buraya tripeptid yazalım. Hocam şöyle diyelim ki yüzlerce aminasit yan yana geldi. Neyi meydana getirir?
Polipeptidi meydana getirir. İşte o da birden fazla tek ya da birden fazla polipeptid protein yapıları meydana getirir. Şimdi benim aslında temel mantığımda şu var. Ben bir protein sentezlediğim zaman bu protein sentezi sırasında Proteinlerin birbirinden farklı olmasını sağlayan temel şey nedir? Bakın, yıldızımı atıyorum.
Amino asit sayısı. Amino asit tekrarı. Yani bir amino esten kaç kere kullandım.
Amino asit çeşidi ve amino asit sırası. İşte bunlar sentezlenecek proteinin yapısını belirler. Peki Bu dördü farklı olabilir değil mi? Ama bunlardan hangisi iki farklı proteinde kesin farklıdır?
Cevabı söylüyorum. Aminazit sırası. Neden diğerleri değil? Bakın, mesela diyelim ki elimde valin, lösin, fenilalanin ve triptofandan oluşmuş bir peptid var. Küçük bir peptid.
Hocam bunlar aminazit isimleri, bunları öğreneceğiz. Bir de lösin, fenilalanin, valin triptofan var. Gördünüz mü bakın aminazit sayısı aynı. Aminazit çeşitleri aynı. Aminazitlerin tekrarı, yani hangi aminazitten kaç kere kullandım o da aynı.
Ama ne farklı? Bunu X, bunu Y proteini yapan şey ne? Aminazit dizilişi. Bu yine karşımıza çıkacak. Nerede?
AYT konuları içerisindeki protein sentezinde. Tamam? Şimdiden ama hafızaya atmakta fayda var. Evet, gelelim proteinlerin temel görevlerine. Hayati bir madde, hayati bir molekül.
Dolayısıyla ben zaten bunu 3. sırada yakma nedenim, yani bundan 3. sırada enerji elde etme nedenim her yerde protein var. Benim her şeyim protein. Ancak şunu şöyle gönül rahatlığıyla yazmanızı istiyorum. İnsandada protein depolanmaz.
Arkadaşlar biz amünasit ya da protein depolamayız. Fazla mı aldın amünasit? Yağa dönüşür. Aynı karbohidrat gibi.
Yani ne yerseniz yiyin. Organik bileşikler içerisinde karbohidrat, lipit ve proteinler için konuşuyorum. Bunlar arkadaşlar yağa dönüşerek depo edilir.
Protein depolanmaz. Dünyada çok az protein depo örneği vardır. Mesela işte yumurtada ovalbumin denilen bir madde.
Ama ben zaten insan özelinde konuşuyorum ki Öseğimi insan özelinde soru sormayı çok seviyor. Peki hocam sen bana şunu söyler misin? Nerelerde ne amaçlı proteini kullanıyoruz? Aktin myozin gibi kas proteinlerin yapısına katılarak neyi sağlıyor? Hareketi sağlıyor.
Kas kasılması mesela. Hemoglobin oksijen ve karbondioksit gazlarını taşıyor. Oksijenle oksi hemoglobin...
karbondioksitle karbaminohemoglobin oluyor. Miyoglobin sayesinde çizgili kaslarda oksijen depolanıyor. Özellikle iskelet kaslarında.
Hormon yapısına katılıyor. Adı bir anda düzenleyici oluyor. Enzimin temel yapısını oluşturuyor. Enzimler katalizör yani hızlandırıcı özellik gösteriyor. DNA ile birleşerek neyi meydana getiriyor?
Kromatin, kromozomu. Şimdi dikkat! Bunu bir daha bir daha söyleyeceğim nükleik asitlerde. DNA yapısında protein var mıdır?
Saçmalama hocam. DNA dediğin baz artı şeker artı fosfattan oluşur. Ama DNA'nın etrafına histon proteinlerini sardığınız andan itibaren adı kromozom olur.
Yani burada DNA ile birleşen aslında proteinin özel bir adı varmış. Neymiş? Histon proteini.
Ama DNA'nın yapısında protein var mı? Yok. Bu ikisi beraber birleştiği anda adı... Kromatin, kromozom oluyor.
Kromozomun yapısında var, DNA'nın yapısında yok. Şimdi bunu şöyle lütfen özetleyin. DNA artı protein eşittir kromozom. Doğru mu? Bakın DNA'nın yapısında yok ama kromozomun yapısında var.
Devam. Albumin gibi proteinlerle kanın ozmatik basıncını düzenler. Albumin zaten bizim hammalımız, bizim her şeyimiz. Hem kanda bir sürü şeyin taşınmasını sağlıyor.
hem kanın ozmatik basıncını ayarlıyor. Biz bunu Starlink hipotezinde dolaşım sisteminde göreceğiz. Mikrotübül, mikrofilament, arafilament gibi yapılarla hücreye desteklik sağlar. Glikoproteinler yapısına katılarak hücreye kimlik kazandırır. Arkadaşlar kimlik, antijenik özellik.
Reseptördür bunlar çünkü. Fibrinojen ve protrombin gibi moleküllerle kanın pıhtılaşmasında görev alır. Bir yeriniz kan adı, devreye fibrinojen girer mesela. Antikorlar vücut savunmasında görev alır. Keratin, saç, tırnak, deri gibi yapılarda bulunur.
Mesela kollajenler var mesela. Yani hocam saymakla bitmez biz burada sabaha kadar proteinlere örnek veririz. Ama ÖSYM'nin en çok sorduğu protein tipleri bunlar.
Geldim son sorusuna. Denatürasyon ve renatürasyon kavramına çıktığında hakikaten insanları böyle ters köşe yaptı. Şimdi denatürasyon, denatür.
Renature, doğal yapının bozulması. Yani nature doğa ya, natural doğal. De olumsuzluk eki, denatürasyon doğal yapının bozulması.
Renature, o doğal yapının tekrar eski haline gelmesi. Bu şu demek değil. Her denatürasyondan sonra renatürasyon olur demek değil. Ancak renatürasyon olabiliyorsa demek ki denatürasyonun bir şeylere zarar vermemiş olması lazım. Hocam Türkçe meali ne?
Burası çok hızlı oldu. Bak şimdi. Proteinler ilk sentezlendiği anda primer yapıdadır. Ve hiçbir şekilde işlevsel değildir. Bunun işlevsel hale gelebilmesi için sekonder, tersiyer ya da kuatörnür olması lazım.
Şöyle kuatörnürü kuaterner şeklinde yazayım. Şurada tersiyer, burada sekonder. Yani hocam, yanisi şu.
Bu şu demek değil. Primer olacak sonra sekonder, tersiyer, kuatörnür değil. Bazı sekonder, bazı tersiyer, bazı kuatörnür olduğunda işlev yapmaya başlar.
Ve burada ben diyorum ki sekonder yapının oluşması için hidrojen bağları ile bağlanması lazım proteinlerin. Katlanır mesela. Tersiyer olabilmesi için hidrojen ile beraber disülfit köprüleri oluşturması lazım.
Kuatörner için ise birden fazla alt birim ve metal iyonu lazım. Mesela bakın şekilde bir hemoglobin var. Hemoglobin işte 2 alfa 2 beta ortada da demir var.
Gibi. Peki hocam o soru neydi? O soru şuydu.
Denatürasyon da ne zarar görür ne zarar görmez. Şimdi soruyorum size. Elimde bir protein var.
Bu protein denatürü oldu. Ve doğal yapısı bozuldu. Fakat bu protein doğal yapısı bozulduktan sonra renatürü olarak eski haline gelebiliyorsa demek ki ana şablon sağlam kalmış ki bu proteinler Ben orjinele bakarak eski halini geri getirebiliyorum.
Ana şablonun sağlam kalması da şu anlama gelir. Denatürasyonda peptid bağı bozulmaz. Aminoasit kopmaz.
Sırası değişmez. Çünkü eğer öyle bir şey olsaydı renatürasyon diye bir şey olur muydu? Olmazdı hocam. Peki denatürasyonda ne oluyor?
Hidrojen bağları. Disülfit köprüleri bozuluyor. Denatürasyonda, yazıyorum hocam, denatürasyonda sülfit köprüleri, hidrojen bağları parçalanır.
O yüzden arkadaşlar biz şunu söylüyoruz. Diyoruz ki bir protein sıcaklıkla, asitlerle, bazlarla, pH'la yapısını bozabilir. Ancak bu sindirim de olabilir yani bir yıkım da olabilir ya da denatürasyon da olabilir.
İkisi arasındaki fark neymiş? Denatürasyon da peptid bağlarına bir şey olmaz. O peptid bağları korunduğu için ana şablon korunur.
Ana şablon yani primer yapı korunduğu için eğer bu proteinin eski haline dönme özelliği varsa renatür olur. İşte bunu sormuştu. Aşağıdakilerden hangisi? Denatüre olan bir protein de değişir değişmez. Proteinlerin ilk sentezlendiği hal primer proteindir.
Fonksiyonel değildir. Ancak denatürasyonlu primer yapı korunur. Evet. Şimdi burada bir checkpoint yapalım. Hocam proteinlerden bahsettim.
Dedin ki 3. dereceden enerji kaynağıdır. Güzel. Neden 3. derece?
Çünkü proteinler karbohidrat ve lipitlerden sonra yıkılır. Şimdi yıkım sırasını bir hatırlayalım o zaman. Yıkım sırası karbohidrat, lipid, protein.
Peki enerji miktarı, 1 gramının verdiği enerji neydi? Yağ ya da lipid. İki ismi de kullanmak istiyorum ama olsun.
Biz yine de burada lipid diyelim. Lipid, protein, karbohidrat. Peki hocam yapıya katılma. Yani benim vücudumda normal şartlarda sağlıklı bir insanda en çok ne var? Protein, sonra yağ, sonra karbohidrat.
Bunu size... Sütun grafiği olarak da verebilir. Mesela yıkıldığında açığa çıkan enerji.
Lipid, protein, karbohidrat. Ya da böyle grafik olarak verebilir. Dairesel grafik.
Yapıya katılma miktarı. Protein, lipid. Bakayım şöyle. Yok şu daha büyük görünüyor. Lipid, karbohidrat şeklinde.
Yani bana bunları verebilir hocam. Yıkım sırası olarak şöyle bir çizim de yapabilir. İşte hemen ilk günlerde açlığın karbohidrat.
işte sonra lipid, sonra protein şeklinde buraya zaman koyabilir. Yani aslında arkadaşlar bu üçü de bununla alakalı soru tipidir ve şaşmaz. Sonra ne dedik?
İşte proteinler DNA'dan gelen şifreye göre sentezlenir. Proteinlerin yapı taşı aminazittir. Aminazitlerde çeşitliği sağlayan grup radikal gruptur.
Ama bir karboksil grubu, bir amino grubu, bir de hidrojen var. Amino grubu ve karboksil grupları... amfoter özelliği kazanmasını sağlar. Yani hem asit hem bas.
Ama bütün aminalsitlerin dikkat edin ortamın pH'ini düşürme özelliği yoktur. Bazıları bazik, bazıları asidik, bazıları nötr'dür. Buna dikkat edin, lütfen dikkat edin. Peki birincinin karboksil grubu ile ikincinin amino grubu arasında oluşan bağ peptid bağdır dedik. D-peptid iki tane peptid bağ değil, iki tane aminalsit, tripeptid iki tane, üç tane peptid bağ değil, üç tane aminalsittir dedik.
Ve peptid bağ kadar su açığa çıkar. Her zaman kural budur. Bağ kadar su açığa çıkar dedik. Bunlar arkadaşlar ÖSYM'in en çok sınadığı şey. Temel görevlerinden bahsettik ama benim aklımda şu kaldı.
DNA'nın yapısında protein var mı? Yok. Ama DNA proteinle birleştiği zaman adı ne oluyordu? Kromatin iplik ya da kromozom oluyordu.
Buradaki proteinin de özel bir adı histon proteiniydi. Denatürasyondan bahsettik. Denatürasyon primer yapının bozulması mı?
Saçmalama hocam. Hemen yazdım buraya. Denatürasyonda primer yapı asla ama asla bozulmaz. Kim bozulur? Sekonder ya da tersiyer yapı bozulur.
Primer yapı bozulursa bunun adı denatürasyon değil yıkımdır. Primer yapı bozulmuyor ki bazı proteinler renatüre olabiliyor. Anlaştık mı? Şimdi burası proteinlerle ilgili verebileceğim en böyle detaylı yerlerden bir tanesi.
Lipitler ve işte karbohidratlarla da birleştirdik. Fakat bana şöyle bir şans daha tanıyın. vitaminlerin sonuna yapacağım checkpointte şunu da yapayım. Vitaminlerin bitmesini istiyorum. Kim düzenleyicidir?
Kim yapıcı onarıcıdır? İşte kim enerji verir şeklindeki soruları da vitaminler konusunun sonuna ekleyip orada noktayı koyalım. Olur mu? Burada burayı bitirebiliriz. Umarım anlaşılmıştır.
Hepinize kolay gelsin.